传统观点认为，清淤是解决底泥问题的唯一途径。针对5年以上未治理的河道、湖泊，清淤是消除底泥的最佳选择；而针对仅有几年的河道、湖泊，可采用底泥原位修复技术进行治理。目前常用的底泥原位修复技术有投撒化学药剂、种植水生植物、曝气充氧、微生物净化等。

投撒化学药剂的目的一般有两个：一个是抑制底泥污染物释放，如硝酸钙、聚合氯化铝等，时效后很快会造成污染物更大强度释放；另一个则是加速底泥污染物释放，如过氧化钙、过碳酸钠等，通过为底泥增氧，快速分解污染物。投撒化学药剂存在时效性短、治标不治本，无法真正消除底泥污染物。

水生植物则是通过植物生长过程中吸收底泥中的部分营养成分，消除底泥污染物，但仅局限于水生植物自身生长所需物质，底泥中大部分的有机有害物质无法通过水生植物去除。另外，水生植物腐烂凋落物也会成为新的污染物。

曝气充氧的作用，也是加速底泥污染物释放，通过底泥增氧，使好氧污染物快速释放，一般通过微生物净化，最终实现底泥污染物消除。HDP直接净化工艺中的底泥原位修复技术，就是借助曝气充氧+微生物净化，直接将底泥中的有机污染物氧化分解，变成无污染的无机物，从而把不断释放污染物的黑臭底泥变成了对水体无害的物质。