藻类的处理方法大致分为物理方法除藻、化学方法除藻和生物方法除藻。 　　

1.物理除藻方法大体又可分为工程除藻和直接物理除藻。工程除藻主要是采用引水换水、底泥疏浚、围隔拦截等工程。直接物理除藻主要指机械清除、吸附、曝气和气浮、磁聚除藻、超声波和电磁波除藻、遮光、过滤、人工打捞等多种方法。

人工打捞收获藻类是控制蓝藻总量最直接的方式，能有效减轻局部水华灾害，在收获藻类的同时起到输出营养物的作用，减轻藻体死亡分解引起的藻毒素污染。由于人工打捞收集手段落后，时间有限，导致效率低、费用高。机械除藻是将藻类从湖泊中移出的一种机械方式，一般应用在蓝藻富集区(借助风向、风力等将蓝藻围栏集中在某一区域),采用固定式除藻设施和除藻船对区域内湖水进行循环处理，有效清除浮藻层，为化学或生物除藻等措施的实施创造条件，可以作为辅助措施。　　

2.化学方法：是用杀藻剂杀死藻类。这种方法适合于水华盈湖的水体。杀藻剂将藻杀死后，水藻腐烂分解仍旧会释放出磷，因此，应该将被杀死的藻类及时捞出，或者再投加适当的化学药品，将藻类腐烂分解释放出的磷酸盐沉降。目前，常用的杀藻剂主要有硫酸铜、高锰酸盐、硫酸铝、高铁酸盐复合药剂、液氯、ClO₂、O₃和H₂O₂等。利用化学杀藻剂除藻虽然效果显著、见效快，但必须慎重使用。 　　

3.生物方法：又分为微生物方法和生物生态方法。微生物方法治理蓝藻原理：利用生物裂藻剂或蓝藻生物抑制剂破坏藻体细胞，使细胞正常代谢终止，最终蓝藻死亡并沉于水体底部。利用水体底部土著微生物菌群(主要指光合细菌、乳酸菌和硝化细菌等)分解死亡的蓝藻，并将其最终转化成氮气，完成脱氮。生物生态方法主要是利用食用蓝藻的鞭毛虫、变形虫、纤毛虫等原生动物和三角蚌、鲢鱼等水生动物去除蓝藻，种植挺水植物、浮叶植物(如巨紫根水葫芦)等水生植物抑制水体中的蓝藻的生长，从而使水体得到净化。

水体富营养化防治之除氮控磷的主要措施