微生物具有培养周期短、生长繁殖迅速、适应能力强和转化效率高等特点，因此在治理黑臭水体的过程中起着不可替代作用。微生物从以下几个方面对河道黑臭水体进行净化：

1）菌体的同化作用会转化部分有机污染物为自身物质。

2）微生物分泌的胞外酶能快速降解大分子有机物，实现对水体有机污染物的降解和去除。

通过氨化细菌、硝化细菌及反硝化细菌的作用，实现水体中氮素的生物地球化学循环过程，并最终使水体中过量的氮素以气态的形式逸出水体。

1）微生物的代谢作用可以降低水体中磷素浓度。

2）某些微生物能通过同化作用，将水体中的有效磷转化为菌体自身的有机磷，通过食物链的传递作用，去除水体中的磷素。

1）通过复合微生物的协同作用，降低水体中氮、磷营养盐水平，通过营养竞争的方式抑制藻类的生长。

2）通过改善水体理化环境，促进浮游动物种群的生长壮大，以浮游动物捕食藻类的方式控制藻类的生长。

微生态活水（HDP）直接净化工艺就是利用微生物的生命活动，以天然存在的微生物净化为核心，经过原位培育，结合流水不腐、曝气增氧等技术手段，增加微生物活性能力，对水中污染物进行转移、转化及降解，最大程度地恢复水体的自净能力，使水质得到净化，重建并恢复适宜多种生物生息繁衍的水生生态系统。