水体富营养化防治措施重点是除氮、控磷以及除藻。当前除氮、控磷采用的方法大致分为如下三种措施： 　

1.工程性防治措施：是指挖掘底泥沉积物、进行水体深层曝气、注水冲稀以及在底泥表面敷设塑料等。挖掘底泥，可减少以至消除潜在性内部污染源;深层曝气，可定期或不定期采取人为湖底深层曝气而补充氧，使水与底泥界面之间不出现厌氧层，经常保持有氧状态，有利于抑制底泥营养盐磷的释放。此外，在有条件的地方，用含磷和氮浓度低的水注入湖泊，可起到稀释营养物质浓度的作用。 　　

2.化学性防治措施：是指利用凝聚沉降原理，采用多种阳离子使磷有效地从水溶液中沉淀出来。最有价值的是价格比较便宜的铁、铝和钙，它们都能与磷酸盐生成不溶性沉淀物而沉降下来。 　　

3.生物性防治措施：利用水生生物和微生物吸收氮、磷元素进行代谢活动以去除水体中氮、磷营养物质的方法。此方法多是利用一些水生植物包括凤眼莲、芦苇、狭叶香蒲、加拿大海罗地、多穗尾藻、丽藻、破铜钱、苦草、狐尾藻等，根据不同的气候条件和污染物的性质进行适宜的选栽。水生植物净化水体的特点是以水生植物为主体，植物和根区为微生物提供了载体，水生植物与微生物共生，产生协同效应，净化污水。经过植物直接吸收、微生物转化、物理吸附和沉降作用除去氮、磷和悬浮颗粒，同时对重金属分子也有降解效果。水生植物一般生长快，收割后经处理可作为燃料、饲料，或经发酵产生沼气。